co-kf さん、こんにちは。
引用：
ローカル(Windows)で、日本語名のファイルをzip形式に圧縮したものを
X-elFinder上にアップロードし、解凍すると、
解凍したフォルダの中のファイル名が「u」などに
変わってしまいます。
確かにそうですね。
Windows 日本語版 上で圧縮する場合、通常では日本語ファイル名は Shift-JIS(CP932) になりますので、サーバー側が UTF-8 環境だとほぼ文字化けします。
サーバー側で、Shift-JIS に対応するのは難しそうなので、圧縮時にファイル名を UTF-8 に変換して圧縮できる圧縮ソフトで ZIP を作成することで解決できると思います。
私は、7zip で UTF-8 に指定して試してみましたが、残念ながら上手く UTF-8 の圧縮ファイルを作成することができませんでした。
他にも、ファイル名を UTF-8 に変換して圧縮できるソフトが幾つかあるようですが、無料のものは広告付き（外部サーバーと通信している）のものが多く、試すまでには至っていません。
